Выражение это означает, что выяснено всё до мельчайших подробностей, открыто скрываемое и узнано забытое. Если ты чего забыл, а то и вовсе — не знал, есть умельцы которые вытащат из тебя всю подноготную.

— Марин, ну как, получается?

— Погоди, немного осталось. Ещё пару рюмок — и его развезет. И вот тут-то я и вытащу всю подноготную из него, всё узнаю про его девок!

Вообще, в этой фразе не хватает окончания — «подноготная правда», «подноготная тайна», «подноготная истина» — одним из этих, или похожих слов должно заканчиваться это выражение. Но за долгое время употребления последнее слово, как само собой разумеющееся, просто исчезло. А само понятие «подноготная» стало самодостаточным.

Так откуда же оно пришло, это выражение? Ну, в принципе, как и все старые поговорки и устойчивые выражения — из старины глубокой. Ещё точнее — из системы «тащить и не пущать», то есть из системы охраны правопорядка, я бы даже сказал — из древней полиции. Итак, заарестовали очередного татя, а он не признаётся! И не говорит, куда дел украденный у честнóго купца кошель с монетами.

Вступает в дело дознаватель, а попросту — палач. И начинает татю по ногти гвоздики или щепочки специальные загонять, да со словами «не хочешь подлинную правду говорить, скажешь подноготную!». Именно так. Тут уж, хочешь не хочешь, а всю-ю-ю подноготную выложишь…

А ещё могли просто ногти щипцами срывать. Тоже та ещё подноготная правда выходила.

Вот так и появилось такое выражение.

Ну и как всегда, не могло не появиться ещё одной версии. Само-собой, а то как же. Уже в советское время, в 1973 году, весьма и весьма уважаемый академик Никита Ильич Толстой предположил, что история происхождения «подноготной» несколько другая. Он выявил, что разных славянских языках выражения, использующие понятие «грязь под ногтями» означают «малость», «мельчайшую частицу». По его предположению, фразеологизм с «подноготной» означает именно это — «выяснить правду до самых мелких подробностей», и вовсе не связан с пытками.

С моей точки зрения, версия вполне имеет смысл. А по факту, скорее всего, выражение «выяснить всю подноготную» вобрало в себя и тот и тот смысл, став таким понятным русскому человеку.